在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

探索报告单

1、从光敏培训肿瘤细胞中截取DNA交连蛋白酶质

从而剥离 光交连膳食纤维酶酶质-DNApp物用到LC-MS分折，创作者开发管理一个多种男变女纯化解决方案，可从DNA中清掉非是交连膳食纤维酶酶质，仅在直晒时实现真接人类基因组接触性丰度DNA交连膳食纤维酶酶质。用TRIZOL提炼脱色质并清掉入狱获的非交连膳食纤维酶酶，后来将其坏点重新充分均匀溶解以实现RNase转化。实现超声清洗剪接得出膳食纤维酶酶质交连DNA的提炼物，在硫氰酸胍中高温男变女，并在二氧化物硅离心分离柱上胸骨后疼痛干洗以清掉非是交连膳食纤维酶酶质直接左右实现。实现核酸酶进行处理从DNA中脱离光交连膳食纤维酶酶，并实现胰膳食纤维酶酶酶转化用到LC-MS分折。该形式命名大全为膳食纤维酶酶质交连DNA提炼或XDNAX。

图1.蛋白质热塑DNA提现或XDNAX方法图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可直观打交道DNA的核氨基酸图谱

将光热塑方式 运用于MCF7人体内部，看到了1,805种得票数球脂肪酸，当中1,191种会出现于3个或更多的次多次重复中。60%的DNA相互间用途组可能含有核酸紧密联系的GO批注，在存在核酸紧密联系批注的球脂肪酸质中，主要的业绩存在核纤层球脂肪酸，而后是参加染色的质结构和人体内部分化的球脂肪酸质（图2）。

图2 . 可真接学习 DNA 的球脂肪酸（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3汇报总结了DNA相护功用组所抽象性的膳食纤维质-DNA网页还有是指的核苷酸化学交联肽。这还包括因（1）球状DNA联系实际结构设计域、（2）DNA 联系实际起居不规律区（IDR）和（3）因与另外的膳食纤维质（举例说明组膳食纤维联系实际膳食纤维）、RNA（举例说明剪接指数）或相分離区室（举例说明核仁膳食纤维）相护功用而导至的环镜亲近。

图3 . 可随便接处 DNA的结构设计域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、酶联免疫法癌细胞扰动前三天与DNA搭配的转录分子

雌荷尔蒙感觉α（ESR1）驻留下来胞质溶胶中，昨天发现其配体，启用易位到生殖细胞系系核，在这里它与dna组中的相应行政区域配合以启用相应的转录软件。将血清饥饿的MCF7生殖细胞系系被暴露于高的用药量雌荷尔蒙（10 nM 17β-雌二醇）4两分鐘，与模以办理的参考生殖细胞系系特别它是的DNA充分的效果组（图4A）。另外，雌荷尔蒙激起后DNA充分的效果组中的ESR1添加了30倍（图4B）。总的而言，在1,814个按量的膳食纤维质-DNA充分的效果中，约有9%展现出达到2倍的为显著变现，并关注到与ESR1兼有充分的效果的膳食纤维如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌刺激素治理 甲状腺癌症系 DNA 能够 影响组的酶联免疫法比（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

工作小结

分析进人什么是表观遗传组的淀粉酶质含量质以熟悉它是是如何被加载并付诸社会实践的，一直以来都是科研工作职工某个长期性的的追求幸福。什么是表观遗传组可及性基本以DNA为重心的坡度做好分析，殊不知，到近几年就行，染色的质抑菌凝胶中的哪几个淀粉酶质含量质与DNA 遭受力学互为施用尚不明确。施用零距離光热塑，可感觉DNA互为施用组中的大部份数淀粉酶质含量质，XDNAX技木将算作淀粉酶质含量质-DNA互为施用分析的强辅助工具。

拜谱个人心得体会

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的血清质组学、遮盖组学、排泄组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

选取医学文献：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.